La Defensoría de los Derechos Universitarios hinca sus raíces en la figura del Ombudsman, creado en la Constitución de Suecia en el año de 1809, instituido para investigar las quejas del público en contra de la burocracia gubernamental. 
 
En México, a iniciativa del entonces Rector de la UNAM, Jorge Carpizo, el Consejo Universitario en el año de 1985, instituyó la Defensoría de los Derechos Universitarios. 
 
En Oaxaca, la creación de la Defensoría de los Derechos Universitarios, de la UABJO, fue aprobada en sesión extraordinaria del H. Consejo Universitario, el día 12 de diciembre del 2007, publicándose su Reglamento en la Gaceta del día 14 del mismo mes y año; sin embargo, fue hasta el 9 de julio del 2013, en que previa convocatoria en los términos del Reglamento, el Consejo Universitario designó al actual titular, y en el mes de marzo del año 2014, inicio sus funciones.